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第九条 自治区水行政主管部门的主要职责：（一）贯彻实施水法和本办法以及有关水行政管理的法律和法规，负责水行政执法工作；
（二）统一管理水资源，归口管理水土保持和节约用水工作，组织协调重要的水资源科研工作，组织重大的水工程建设；
（三）会同有关部门统一进行水资源的综合科学考察和调查评价，编制开发利用水资源、涵养水源和防治水害的综合规划，制定水的长期供求计划；
（四）确定跨盟、市的水量分配方案和水工程项目，协调跨盟、市之间的水事纠纷；
（五）组织实施取水许可制度和征收水资源费；
（六）负责管理、保护、监督水利和水土保持工程设施，归口管理自治区水库渔业；
（七）负责水资源的保护、水质监测、调查和评价，对水文工作进行行业管理；
（八）统筹城乡水资源，归口管理农村、牧区水利和苏木、乡镇供水，管理以防洪、灌溉、供水为主的水力发电和农村小水电；
（九）归口管理自治区防洪、防凌、抗旱工作，负责防汛抗旱指挥机构的日常事务；
（十）会同有关部门管理河道、湖泊、水库、蓄滞洪区等水域及其岸线，协同环境保护部门对水污染防治实施监督管理。
第十条 开发利用水资源必须进行综合科学考察和调查评价。水资源的综合科学考察和调查评价，由自治区水行政主管部门会同有关部门统一进行。
第十一条 开发利用水资源和防治水害，应当按照流域或者区域进行综合规划和专业规划。专业规划服从综合规划，并兼顾地区、行业需要。 自治区确定的主要河流的综合规划，由自治区水行政主管部门会同有关部门编制，报自治区人民政府批准。 盟市、旗县（市）行政区域或者河流流域的开发利用水资源综合规划，由同级水行政主管部门会同有关部门编制，报同级人民政府批准，并报上一级水行政主管部门备案。
第十二条 防洪、灌溉、治涝、排水、航运、城市和工业供水，水力发电、渔业、旅游、疗养、水质保护、水文测验、水土保持、地下水普查勘探与动态监测和开发利用等有关水资源的各项专业规划，由旗县级以上人民政府有关主管部门编制，经同级水行政主管部门进行综合平衡，报同级人民政府批准，并报上一级水行政主管部门备案。
第十三条 开发利用水资源，应当首先保证城镇、农村、牧区居民生活用水，统筹兼顾农业、牧业、林业、工业用水和航运的需要。在水源不足的地区，严格控制扩大城市规模和耗水量大的工业、农业的生产规模。农业区和城郊蔬菜基地开发利用水资源，要优先保证粮食生产和蔬菜生产的供水。牧业区开发利用水资源，必须优先保证畜群供水，兼顾饲草、饲料基地和草原的灌溉。 林业区开发利用水资源，应当优先保证育苗、幼林和速生丰产林的用水，兼顾森林工业和木材流运的用水。 确因特殊需要，开采农业区、牧业区水资源，影响当地农牧民生产和生活的，必须经旗县级以上人民政府批准，并按有关规定合理支付安置费和补偿费。
第十四条 跨盟、市河流的河道管理，由自治区水行政主管部门与有关盟、市协商确定，其它河流的河道管理，由盟、市水行政主管部门确定。
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