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排污单位对环境保护行政主管部门核定的污染物种类、数量、浓度和排污费金额有争议的，先按环境保护行政主管部门核定的数量缴纳排污费，然后向上一级环境保护行政主管部门申请复核。上一级环境保护行政主管部门复核后的数据为征收排污费的最终依据。征收排污费的环境保护行政主管部门，根据复核结果办理排污费的补退手续。
第九条 旗县级以上环境保护行政主管部门编制征收排污费年度预算，经同级财政部门批准后执行。
第十条 排污费一个季度结算一次。排污单位从接到征收排污费通知书之日起，二十日内向指定的金融机构或者单位缴纳排污费。
第十一条 企业缴纳的排污费，可以计入生产成本或流通费用。提高征收标准费、加倍收费及补偿性罚款、滞纳金（简称其他收费）在企业留利中列支。行政、事业单位缴纳的排污费，先从单位经费包干节余和预算外资金中列支，如有不足，可以从单位行政、事业费中列支。
第十二条 各级环境保护行政主管部门必须在季度终了后十日内，将征收的排污费和其他收费如数缴入当地金库，不得拖缴和截留，严禁坐收坐支。
第十三条 排污费收入纳入各级财政预算，按专项资金管理，用于环境保护支出，年度终了结余部分可结转下年使用，不得用于其他开支。
第十四条 排污费的百分之七十，用于治理污染。其中百分之二十，按照排污单位隶属关系，分别建立自治区级、盟市级、旗县级污染源治理专项基金（简称专项基金）；其余部分，由各级环境保护行政主管部门用于补助缴纳排污费单位的污染源治理。
第十五条 排污费的百分之三十和其他收费，用于建立环境保护事业发展基金（简称发展基金）。其中百分之七十五为收费地区的发展基金；其余百分之二十五由旗县（市）上交盟环境保护行政主管部门，设区的市上交自治区环境保护行政主管部门，做为盟级、自治区级发展基金。
第十六条 专项基金和发展基金由各级环境保护行政主管部门统一管理，重点用于污染源限期治理项目和环境监测仪器设备购置、综合性治理措施等。具体管理使用办法，由自治区环境保护行政主管部门会同财政部门制定。
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